Sekolah berdaya adalah model pengembangan sekolah yang mengembangkan sekolah melalui 4 pilar: manajemen profesional, guru berkualitas, prestasi sekolah, dan kemandirian. Sekolah Berdaya adalah program pembinaan unggulan SEI. Beberapa sekolah yang sudah menikmati program: MI Al Bayan Mandiri (Bogor), MI Maarif Kenalan dan SD Muhammadiyah Candirejo (Borobudur, Magelang).
Untuk melihat kualitas program dan peningkatan sekolah, program ini dilengkapi dengan Alat Ukur Sekolah Berdaya.